Im Jahr 1986 wurde der Versuch unternommen, mit einigen Verkaufsständen eine Art „Fischmarkt“ auf dem Wyker Rathausplatz als wöchentliche Einrichtung zu etablieren. Aus verschiedenen Gründen konnte sich diese Idee jedoch nicht durchsetzen. 

Auf Anregung des Handels- und Gewerbevereins sowie unter großer Mithilfe des damaligen Ordnungsamtsleiters Harald Niebuhr wurde im folgenden Jahr die Idee umgesetzt, den Markt direkt am Hafen zu platzieren und jeweils am Sonntag durchzuführen. Zunächst konnten nur wenige heimische Standbetreiber gefunden werden, die sich bereit erklärten, jeweils sonntags während der Saison einen Fischmarkt durchzuführen.

Nach den üblichen Anfangsschwierigkeiten wurde der Markt ständig weiterentwickelt. Das Angebot konnte erweitert werden und die Besucherzahlen wurden im Laufe der Zeit erheblich gesteigert.

Mittlerweile ist der Wyker Fischmarkt in der ganzen Region bekannt und insbesondere bei den Urlaubern ein beliebter Anziehungspunkt. Dies zeigt sich auch besonders an den Zahlen der Tagesausflügler, die am Sonntag von den umliegenden Inseln und Halligen per Ausflugschiff auf die Insel gebracht werden.

Der Ablauf des Marktes und das Programm sind seit einigen Jahren unverändert. Nachdem früher mit dem Markt erst zu Pfingsten begonnen wurde, findet der erste Fischmarkt des Jahres in der Regel am Sonntag vor Ostern statt. Der letzte Markt ist traditionell am Sonntag vor Jahrmarkt.