Obwohl im Wyker Hafen nur gelegentlich Schiffe im internationalen Verkehr abgefertigt werden, müssen jedoch die weltweit gültigen Sicherheitsmaßnahmen auch hier eingehalten werden. Für den Frachtverkehr wurden die Kaianlage an der Nordwestpier und für den Kreuzfahrerbereich (Personenumschlag mit Tenderbooten) der nördliche Teil der Alten Mole gemäß ISPS-Code behördlich zertifiziert.

Zu den getroffenen Sicherheitsmaßnahmen zählen u.a.

• Umzäunte oder abgesperrte Sicherheitsbereiche
• Beleuchtete Liegeplätze
• Aufsicht an den Liegeplätzen
• Überwachung von Wasser- und Landflächen
• Zugangs- und Sicherheitskontrollen von Fahrzeugen und Personen
• Ggfs. Kontrolle von Hand- und Reisegepäck
• Bewachung durch ausgebildete Sicherheitskräfte
• Notfall- und Evakuierungspläne und -verfahren

Die Umsetzung der Sicherheitsmaßnahmen erfolgt mit Unterstützung der Behörden und Ämtern, zu deren Verantwortungsbereich der Wyker Hafen gehört.